La commune doit son nom à Mozo, chef d'une peuplade de Wisigoths qui a occupé l’Aquitaine aux IVe et Ve siècles.

Le nom de la paroisse est attesté en 1333 sous la forme « Mozens ». Pendant la période révolutionnaire de la fin du XVIIIe siècle, ce nom s’écrira « Mouzains ».

Au Moyen Âge, la paroisse dépendait de la châtellenie de Bigaroque dont les suzerains successifs connus furent Richard Cœur de Lion (mort en 1199), Mercadier, Martin d’Algays (mort écartelé à Biron pour avoir trahi Simon de Montfort, chef de la croisade contre les Albigeois) puis les archevêques de Bordeaux jusqu’à la nationalisation des biens du clergé en 1789.

Depuis l’organisation administrative décidée par l’Assemblée nationale constituante, la paroisse de Mouzens devenue «commune» a toujours fait partie du canton de Saint-Cyprien, du district (ou arrondissement) de Sarlat, et du département de la Dordogne.

Au point de vue religieux, la paroisse dépendait de l’archiprêtré d’Audrix et de l’évêché de Sarlat jusqu’à la suppression de ce dernier par la Constitution civile du clergé pendant la période révolutionnaire. Cet évêché a été rétabli à la fin du XXe siècle et le titulaire en est l’évêque de Périgueux.

Localement sur le domaine seigneurial du château de Monsec se sont succédé les familles Laroque vers 1300, les Suquet de la Treilhe vers 1400. En 1560 le propriétaire est Montlouys. Une des filles, Marguerite de Foucaut, épouse François de Feletz. Une descendante de cette union, Anne de Feletz, devient seule héritière du château de Monsec et de ses dépendances en 1610. Elle épouse François de Clermont issu d’une famille quercynoise et depuis cette date, le domaine est toujours resté par héritage et mariages dans la même famille.

En 1793, un des fils du châtelain, Jean-Baptiste Touchebœuf-Lafage deviendra le premier maire de Mouzens à l’âge de 20 ans et le restera pendant 60 ans jusqu’à son décès en 1854.

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